Kubo est intelligent et généreux, il gagne sa vie comme conteur, dans un village de bord de mer. Sa tranquillité et celle de ses compagnons va être bouleversée quand par erreur il invoque un démon du passé. Kubo se lance dans une épopée palpitante afin de sauver sa famille et percer le secret de la chute de son père, le plus grand samouraï du monde. À l’aide de son Shamisen -un instrument musical magique- il va affronter toutes sortes de dieux et de monstres pour dénouer le mystère de son héritage et réunir sa famille.